# include "ChangeAlphabet.h"

void ChangeAlphabet_HasBetaAndBetaBranched(Sequences *S)
{
  int i,j;
  STDERR("ChangeAlphabet_HasBetaAndBetaBranched():");
  for (i=0; i<= S->nseq; i++) {
    for (j=0; j<=S->SeqSz; j++) {
      char * c = &(S->seq[i]->aa[j]) ;
      if (islower(*c)) *c = toupper(*c); 
      switch (*c) {
	
      case '-' :
      case '=' : *c = '-' ; break ;
	
      case 'A' : *c = 'A' ; break ; /* Special */

      case 'G' : *c = 'G' ; break ;
	
      case 'P' : *c = 'P' ; break ;

	
      case 'V' : *c = 'V' ; break ; /* beta-branched aliphatics */
      case 'I' : *c = 'V' ; break ;

	
      case 'F' : *c = 'L' ; break ; /* 4 aromatics */
      case 'Y' : *c = 'L' ; break ;
      case 'H' : *c = 'L' ; break ;
      case 'W' : *c = 'L' ; break ;
	
      case 'D' : *c = 'L' ; break ; /* Negative charge */
      case 'N' : *c = 'L' ; break ;
      case 'B' : *c = 'L' ; break ;
      case 'Q' : *c = 'L' ; break ;
      case 'E' : *c = 'L' ; break ;
      case 'Z' : *c = 'L' ; break ;
	
      case 'K' : *c = 'L' ; break ; /* Positive charge */
      case 'R' : *c = 'L' ; break ;
	
      case 'S' : *c = 'L' ; break ; /* Hydroxyl & Sulfhydryl containing */
      case 'T' : *c = 'L' ; break ;
      case 'C' : *c = 'L' ; break ; 
      case 'M' : *c = 'L' ; break ;

      }
      
    }
  }
}

void ChangeAlphabet_GAgap(Sequences *S)
{
  int i,j;
  STDERR("ChangeAlphabet_GAgap():");
  for (i=0; i<= S->nseq; i++) {
    for (j=0; j<=S->SeqSz; j++) {
      char * c = &(S->seq[i]->aa[j]) ;
      if (islower(*c)) *c = toupper(*c); 
      switch (*c) {
	
      case '-' :
      case '=' : *c = '-' ; break ;
	
      case 'G' : *c = 'G' ; break ;
	
      case 'A' : *c = 'A' ; break ; /* Special */

      case 'P' : *c = 'A' ; break ;

	
      case 'V' : *c = 'A' ; break ; /* beta-branched aliphatics */
      case 'I' : *c = 'A' ; break ;

	
      case 'L' : *c = 'A' ; break ;
      case 'F' : *c = 'A' ; break ; /* 4 aromatics */
      case 'Y' : *c = 'A' ; break ;
      case 'H' : *c = 'A' ; break ;
      case 'W' : *c = 'A' ; break ;
	
      case 'D' : *c = 'A' ; break ; /* Negative charge */
      case 'N' : *c = 'A' ; break ;
      case 'B' : *c = 'A' ; break ;
      case 'Q' : *c = 'A' ; break ;
      case 'E' : *c = 'A' ; break ;
      case 'Z' : *c = 'A' ; break ;
	
      case 'K' : *c = 'A' ; break ; /* Positive charge */
      case 'R' : *c = 'A' ; break ;
	
      case 'S' : *c = 'A' ; break ; /* HydroxyA & Sulfhydryl containing */
      case 'T' : *c = 'A' ; break ;
      case 'C' : *c = 'A' ; break ; 
      case 'M' : *c = 'A' ; break ;

      }
      
    }
  }
}